Pengelolaan kependidikan PDPAI dipimpin oleh seorang Kaprodi bergelar Guru Besar dan memiliki reputasi nasional maupun internasional di bidang Studi Islam. Dalam menjalankan tugasnya, keprodi dibantu seorang Sekprodi bergelar doktor. Demi menjamin kelancaran dalam proses belajar dan mengajar di PDPAI, para dosen bersikap pro-aktif. Dari 15 dosen tetap tersebut, 11 di antaranya bergelar guru besar (profesor) dan empat lainnya bergelar lektor kepala (doktor).
| No | Nama Lengkap DTPS | NIDN/NIDK | Jabatan Fungsional |
|---|---|---|---|
| 1 | Prof. Dr. Waston, M.Hum | 623076001 | Guru Besar |
| 2 | Prof. Dr. Sutama, M.Pd | 7016002 | Guru Besar |
| 3 | Prof. Dr. Bambang Sumardjoko, M.Pd | 14056201 | Guru Besar |
| 4 | Prof. Dr. Sofyan Anif, M.Si | 625066301 | Guru Besar |
| 5 | Prof. Taufik, S.Psi., M.Si., Ph.D | 629037401 | Guru Besar |
| 6 | Prof. Dr. Abdul Munir Mulkhan, S.U. | 8822090018 | Guru Besar |
| 7 | Prof. Dr. Muhammad Abdul Fatah Santoso, M.Ag | 8833523419 | Guru Besar |
| 8 | Prof. Dr. Musa Asy'arie | 8955570023 | Guru Besar |
| 9 | Prof. Dr. Sabar Narimo, M.M., M.Pd | 613036301 | Guru Besar |
| 10 | Prof. Dr. Harsono, S.U | 620026001 | Guru Besar |
| 11 | Prof. Dr. Wachidi, M.Pd | 8963440022 | Guru Besar |
| 12 | Drs. Syamsul Hidayat, M.Ag | 605096402 | Lektor Kepala |
| 13 | Dr. Mahasri Shobahiya, M.Ag | 628056505 | Lektor Kepala |
| 14 | Dr. Andri Nirwana. AN, Ph.D | 2101068301 | Lektor Kepala |
| 15 | Dr. Mohamad Ali, S.Ag, M.Pd | 628117301 | Lektor Kepala |