Program Doktor PAI, sejalan dengan universitas, sedang giat melakukan penelitian dalam rangka pelaksanaan Renstra Universitas periode ketiga, yaitu Penguatan Reputasi Nasional dan Internasional. Penelitian diarahkan untuk menjadi karya ilmiah berkualitas yang terindeks oleh pemeringkat bereputasi internasional. Untuk dapat mencapai tujuan tersebut, kolaborasi antara dosen dengan mahasiswa semakin ditingkatkan. Bahkan, dosen dan mahasiswa bekerjasama menulis paper ilmiah untuk dimuat pada jurnal internasional. Program Doktor PAI juga bekerjasama dengan berbagai pihak untuk pengembangan kuantitas dan kualitas penelitian. Misalnya berkolaborasi dengan Universiti Putera Malaysia dalam penulisan dan publikasi jurnal internasional.