Program Doktor Pendidikan Agama Islam berada di bawah Universitas Muhammadiyah Surakarta (UMS), salah satu pendidikan tinggi yang dimiliki oleh persyarikatan Muhammadiyah. Keberadaan UMS dimulai dengan berdirinya IKIP Muhammadiyah Jakarta Cabang Surakarta pada tanggal 18 September 1958, atas prakarsa dari sejumlah tokoh Pimpinan Daerah Muhammadiyah (PDM) Kota Surakarta antara lain Ibu Sudalmiyah Suhud Rais, Bapak Radjab Bulan Hadipurnomo, Bapak Muhammad Syafa’at Habib, Ibu Sulastri Gito Atmodjo, dan Bapak KH Syahlan Rosyidi. Setelah sekian tahun berdiri, IKIP Muhammadiyah terus berkembang dan menjadi UMS. UMS mengalami perkembangan yang luar biasa hingga akhirnya memiliki program doktor (S3). PDPAI merupakan program doktor kedua setelah Program Studi Doktor Ilmu Hukum menjadi program doktor pertama di lingkungan UMS.
Sejak pengembangan kampus unit V (di Jl. Rajiman) pada tahun 2014, UMS menjadikan kampus ini menjadi pusat internasionalisasi, termasuk untuk penyelenggaraan kelas internasional dan gelar ganda (double degree), kerjasama yang dilakukan dengan Negara Korea, Taiwan, Australia dan Inggris. Sampai dengan 2017, UMS mengelola 12 fakultas dan 1 sekolah Pascasarjana yang terdiri dari 35 program studi S1, 5 program profesi, 1 program Diploma 3, 3 program double-degree S1, dan 9 (sembilan) program internasional, 1 akademi komunitas, 12 program studi S2, dan 2 Program Studi S3. Pendidikan profesi yang diselenggarakan yaitu: Psikologi, Apoteker, Dokter, Advokat, dan Ners. Pada saat ini UMS mempunyai 12 program studi jenjang S2. Program Studi jenjang S2 tersebut adalah sebagai berikut: (1) Magister Pemikiran Islam (MPI), (2) Magister Pendidikan Islam (MPdI), (3) Magister Manajemen (MM), (4) Magister Ilmu Hukum, (5) Magister Manajemen Pendidikan (MPd), (6) Magister Akutansi, (7) Magister Teknik Sipil, (8) Magister Sain Psikologi, (9) Magister Teknik Mesin, dan (10) Magister Pengkajian Bahasa (MPB), (11) Magister Farmasi, (12) Magister Teknik Kimia. Adapun program studi jenjang S3 adalah Program Doktor Ilmu Hukum dan Program Doktor Pendidikan Agama Islam. PDPAI UMS berdiri sejak tahun 2017 dengan SK Dirjen Pendidikan Islam nomor 3391 tahun 2017.